Số lượng chương trình quản lý cho X có rất nhiều hầu hết đều là miễn phí hay tự do. Trong số đó hai chương trình được nhiều người yêu thích và sử dụng nhất (chiếm trên 90% thị phần của các trình quản lý cho X) đó là GNOME và KDE.

GNOME và KDE

Hai đối tượng này đều có đầy đủ các tính năng mặt mạnh và yếu:

KDE:

• Nguyên thủy là lối chơi chữ từ "Kool Desktop Environment" (chữ Kool là chữ lóng đồng âm với chữ "cool" tức là "Môi trường Mặt bàn ngầu"). KDE ra đời từ 1996 bởi Matthias Ettrich.
• Được xây dựng bằng ngôn ngữ C++
• Giao diện đồ họa dựa trên bộ công cụ Qt của Trolltech. Chính do, Qt ban đầu không phải là nguồn mở đã gây ra nhiều vấn đề tranh cãi. Mặc dù sau đó, "Qt" đã được Trolltech mở rộng một giấy phép nguồn mở đặc biệt cho "Qt" nhưng sự việc cũng đã trễ, GNOME đã ra đời và trở thành đối thủ cạnh tranh quan trọng nhất.
• KDE thực tế có nhiều ứng dụng hơn là GNOME, tuy vậy, chất lượng phần mềm không chắc hơn được các ứng dụng của GNOME.

GNOME:

• Đề án khởi động từ năm 1997 Miguel de Icaza and Federico Mena, để giải quyết tình trạng KDE đã sử dụng một chương trình nguồn kín để phát triển phần mềm thay vì chương trình lấy từ nguồn mở.
• Mã nguồn dựa trên OOP thời kỳ đầu, nên các chương trình thư viện vẫn còn dùng ngôn ngữ C thay vì C++
• Rất nhiều thành phần cơ bản của GNOME phát triển từ công cụ GIMP
• Các thành phần phát triển trên cơ sở kiến trúc CORBA

Hiện nay, hầu hết các hệ điều hành Linux mở đều cho phép người dùng lựa chọn giữa hai trình quản lý này

Xem thêm lịch sử cạnh tranh giữa hai phần mềm này từ trang GNOME vs KDE – the history.

Một số chương trình quản lý X khác

Phần này chỉ giới thiệu một số trình quản lý X nào có giấy phép theo hình thức mở và còn sử dụng bởi nhiều người.

• IceWM: Tập trung trong mục tiêu cung ứng một chương trình quản lý X nhỏ gọn nhanh và linh hoạt. Ứng dụng chính của nó thường được dùng trong các thiết bị khởi động được vì nó chiếm chỗ rất ít. Trang Web tìm thấy ở IceWM. Giấy phép LGPL
• Fvwm phát triển bởi Robert Nation, là trình quản lý đầu tiên thỏa mãn tiêu chuẩn ICCCM. Nó được tạo ra nhằm giảm tối thiểu việc sử dụng bộ nhớ, cung ứng khả năng hiển thị 3-chiều và một mặt bàn ảo đơn giản. Trang Web tại Fvmwm. Giấy phép GPL
• Ctwm phát triển bởi Claude Lecommandeur, là một mở rộng của twm, nó có thể cung ứng đồng thời đến 32 màn hình ảo có thể có cấu hình riêng biệt, gọi là "workspace" (không gian làm việc). Người dùng có thể chuyển đổi không gian làm việc rất dễ dàng. Trang Web tại: Ctwm. Giấy phép BSD
• AfterStep dựa trên Fvwm, nhưng thiết kế để tạo cảm giác như là giao diện của NEXTSTEP. Trang Web tại AfterStep. Giấy phép GPL
• Window Maker do Alfredo Kojima, cũng để mô phỏng giao diện của NeXT, như AfterStep, nhưng với một cách tiếp cận hoàn thiện hơn. Trang Web Window Maker. Giấy phép GPL.
• Scwm (từ chữ "Scheme Constraints Window Manager"). Đây là trình quản lý X động và mở rộng được, đây cũng là công cụ văn lệnh cho hệ thống X window. Trang Web tại Scwm. Giấy phép GPL